Krupajsko vrelo se nalazi u jugoistočnom delu Krepoljinsko-krupajske kotline, ispod zapadnog krečnjačkog odseka Beljanice, u ataru naselja Milanovac. Od Žagubice je udaljeno oko 35 km i pored njega prolazi put koji spaja Homolje sa Resavom. Nadmorska visina na kojoj se vrelo nalazi iznosi 230 m.
Vode ovog vrela velikom snagom izbijaju iz pećinskog otvora u koju pritiču podzemnim kanalima sa Beljanice. Predstavlja jedno od najvećih i najjačih kraških vrela u Srbiji. Do 1946. godine, vrelo je izbijalo iz pećinskog otvora u vidu rečnog toka, dok nije nekih 40 m nizvodnije sagrađena brana. Tako je promenjena fizionomija vrela i ono je dobilo izgled manjeg jezera, a preko brane voda otiče u vidu vodopada. Izdašnost vrela zavisi od količine atmosferskog taloga koji se izluči i otapanja snega. Od jezera, odvaja se kanal uzidan u litici koji usmerava vodu za potrebe nekad mlina i mini hidroelektrane, a danas za potrebe ribnjaka pastrmke. Postanak ovog vrela uslovljen je tektonskim sklopom ovog dela Beljanice, fluvijalnom fazom kroz koju je prolazila reka Mlava, zatim kraškim procesima i evolucijom Krepoljinsko-krupajskog neogenog jezera. Voda Krupajskog vrela je kristalno čista i bistra i može se koristiti za piće. Prvobitno ispitana dubina vrela bila je 7 m. Ovu dubinu dostigao je Aleksandar Milosavljević Ceca 1995. i 1998. godine sa grupom speleo ronilaca iz Beograda. Kasnijim istraživanjima došlo se do dubine od 105 m koju je dostigao ronilac Saša Milanović 2007. godine. Najveća dubina dostignuta je 24. maja 2009. godine i ona iznosi 123 m. Do ove dubine došli su ronioci Ronilačkog kluba „Triton” iz Beograda, Mirko Bevenja i Branislav Pavlović. Zbog jakih struja, nije se uspelo otići u još veću dubinu i doći do dna sifonskog kanala iz kog izbija voda. Zbog toga se može sa sigurnošću reći da je dubina Krupajskog vrela znatno veća. Krupajsko vrelo sa svojom zelenom okolinom predstavlja veoma prijatan ambijent za sve posetioce, a kao takav predstavlja pravu turističku atrakciju u Homolju. U neposrednoj blizini vrela nalazi se i termalni izvor koji doprinosi interesantnosti ovog lokaliteta. Krupajsko vrelo posećuju mnogobrojni domaći i strani turisti. Zbog toga treba još više ulagati u njegovo očuvanje i uređenje, a samim tim će se i broj posetilaca povećati. Prvi put je Krupajsko vrelo stavljeno pod zaštitu države 1979. godine kao „Prirodni hidrološki spomenik”. Spomenik prirode Krupajsko vrelo ustanovljen je uredbom Vlade Republike Srbije, 1995. godine. Pored turističkog, ovo vrelo ima i drugih potencijala, a jedan od njih je izgradnja vodovodne mreže za okolna naselja (Sige, Milanovac i Krupaja) za šta postoji projekat i uskoro bi trebalo da se krene sa njegovom realizacijom.